裴恩才的教练生涯则始于1983年，起点是八一青年队。1986-1988年间负责1613工程的建设。
2003年3月正式被任命为八一队主帅，2003年下半年至2005年6月，任武汉黄鹤楼队主教练，并在2004年率队夺得中甲联赛冠军，并以第一名的身份冲超成功。
在2005年曾率领升班马武汉黄鹤楼队在联赛中取得七连胜的佳绩；
2005年6月正式任中国女足国家队主教练一职。
2005年11月14日，裴恩才正式向中国足协提出辞去女足主帅一职，重新回到武汉队。2007年9月短暂加盟河南队。
“非常感谢你，感谢你们《扬子晚报》！正是你们的呼吁，帮助了我顺利来到舜天执教。”这是中国足球知名教练裴恩才昨天在舜天集团看见记者后说的第一句话。同样是在昨天下午，江苏舜天俱乐部在集团会议室宣布了两件事：一是明年江苏省足球队更名为江苏国信舜天队；二是宣布裴恩才正式担任江苏舜天队主帅，合同为期三年。终于，舜天俱乐部在一波三折之后，将这位中国足球圈带队升级最多的主教练请到了江苏。
波折：舜天三顾茅庐请来裴帅
裴恩才能够来到舜天执教，外人对其中原委可能知晓不详，但对于舜天俱乐部可谓是一波三折，总经理张玉道就像当年刘备三顾茅庐一样，三次力邀裴恩才，直至昨天终于得尝所愿。话题要追溯到2005年，裴恩才还在担任女足国家队主帅的时候，接着十运会的契机，舜天总经理张玉道驱车到宜兴女足赛区，首邀裴恩才。但最终，辞去女主主帅后的裴恩才还是在武汉市副市长的力邀下回到了武汉队。
今年的9月，武汉队解除了裴恩才的主教练职务，而得知这一消息的舜天俱乐部立即和商谈合作的事宜。但同样是重感情，裴帅答应了身处降级漩涡的河南队。至此，舜天的二邀也在短暂交流后受挫。今年的中超联赛结束后，当传出河南队很可能不和裴恩才续约后，舜天俱乐部立即开始了他们第三次邀请，总经理张玉道更是亲赴裴恩才北京的家中，促膝长谈，重感情的裴恩才终于接下了舜天抛出的橄榄枝。
