1900年，一名柏林人弗朗茨·约翰开创了这段伟大的历史，他和几个朋友一起组建了拜仁慕尼黑队，1907年拜仁迁入位于莱奥波尔特大街的拜仁训练场，从此开始了德国联赛不朽的传奇。拜仁的首场比赛他们以8比1战胜了手FC瓦克队。在1910年，球队夺得了东部地区冠军。1911年卫冕成功，队中球员马科斯·加布隆斯基入选国家队。1920年，拜仁成为了德国最大的足球俱乐部。

　　1926年，球队成为南德冠军。1932年，凭借鲁尔和克鲁姆的进球，2比0击败法兰克福，第一次夺得全国冠军。此后几年拜仁都是德国联赛中的劲旅，直到第二次世界大战爆发，德国的体育事业遭受重大打击。

　　1946-1967

　　二战结束后，整个德国都在重建，体育事业也是一样。1954年，泽普·赫尔贝格率领德国国家队在瑞士第一次举起了世界杯的金杯，但是当时拜仁慕尼黑队队长雅克布·施特莱特勒却没有参加决赛。</p>

　　之后很长一段时间，拜仁都没有人入选德国国家队。1957年，拜仁1-0击败杜尔塞多夫，第一次夺得德国足协杯，但是球队从此陷入低谷。1963年德国足球甲级联赛成立，但是却没有出现拜仁慕尼黑队的名字。

　　1965/66赛季，拜仁慕尼黑踢完了球队历史上第一个德甲赛季。贝肯鲍尔和迈尔也被招入德国国家队，他们参加了在英格兰举行的世界杯，他们在决赛才输给了东道主。

　1967年，拜仁迎来了欧洲赛场上的第一个顶峰时期。在球队4比0战胜汉堡夺得德国杯后，又以1-0击败了格拉斯哥流浪者，捧起了欧洲优胜者杯。

　　1968-1976

　　1968年新上任的布兰科·泽贝奇率领拜仁在联赛中压倒亚琛夺冠，在德国杯决赛中击败沙尔克04队捧杯。

　　1972年拜仁在新帅乌多·拉特克的带领下，又举起德甲冠军奖盘。而队中轰炸机盖德·穆勒在这个赛季中攻入了40个进球，而球队在联赛里最终积55分，这两项数据均创造了德甲联赛纪录。在杯赛2比1击败科隆，把奖杯带回慕尼黑。随后拉特克又带领球队夺得了两次德甲冠军。

　　1974年，拜仁击败了马德里竞技捧起了历史上分量最重的一座奖杯，同年德国队在贝肯鲍尔的率领下在世界杯决赛上击败荷兰，第二次捧起了大力神杯。在欧洲冠军杯上，1975、1976连续两年拜仁都击败对手最终捧杯，完成了冠军联赛三连冠的伟业。1976年拜仁还赢得了丰田杯。

　　1977-1990</p>

　　1977年，贝肯鲍尔和穆勒先后离开拜仁。之后球队的总经理和主教练也作了调整。球队一直处于动荡时期，直到1980年，鲁梅尼格、布莱特纳等人的加盟才是拜仁在六年之后重新夺回德甲冠军。

　　1982年，拜仁在德国杯决赛中在0比2落后的情况下连扳四球，完成大逆转。但是在欧洲冠军杯决赛中，0比1不敌阿斯顿维拉无缘冠军。同年，德国队在世界杯决赛中输给了意大利队。

　1983年，拉特克重新回到了拜仁。1984年，在德国杯决赛中点球战胜门兴夺得冠军。

　　1988年，于普·海因克斯入主拜仁慕尼黑，他要在马特乌斯、布雷默、埃德尔、休斯、鲁梅尼格和法夫离开后重组球队。他率领球队夺得了1989和1990年的联赛冠军。1990年六名拜仁球员入选国家队，分别是：奥根塔勒，罗伊特，托恩，科勒，弗吕格勒和奥曼。德国队在决赛中击败阿根廷队第三次捧起大力神杯。

　1990-1999

　　海因克斯在91/92赛季离开了拜仁，勒尔比接替了他的位置。但是拜仁一度陷入保级危机。俱乐部又请来了埃里希·里贝克。贝肯鲍尔和鲁梅尼格正式担任了俱乐部的副主席，在93/94赛季，足球皇帝亲自上阵，率队夺得了德甲冠军。

　　1994/95赛季，在特拉帕托尼的带领下，拜仁最终仅排名第六，在欧洲冠军杯半决赛上也被阿贾克斯队淘汰。

　　1997年特拉帕托尼重回拜仁，率领球队夺回德甲联赛冠军和1998年德国杯冠军。1999年希斯菲尔德入主拜仁。他执教的第一个赛季就夺得了历史上第15个德甲联赛冠军，同时进入了德国杯和冠军杯的决赛。但是在决赛中双双失利，错失三冠王美梦。

　　2000-2005

　　1999-2000赛季在欧洲冠军杯上，拜仁小组赛两回合总比分8比3战胜皇家马德里。这一年他们又夺回德甲冠军和德国杯冠军。卡恩也被评为当年的德国足球先生。

　　2001-2002赛季，拜仁凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的间接任意球战胜汉堡队，再次夺得德甲冠军。在欧洲冠军联赛上，拜仁先后淘汰了曼联、皇马，并在决赛上战胜瓦伦西亚最终捧起欧洲冠军杯。

　　2002-2003年的德甲联赛中，拜仁以16分的绝对优势压倒斯图加特队，毫无悬念的夺得冠军。巴拉克被评为年度德国足球先生。之后的一年联赛冠军被不来梅夺走。

　　2004-2005赛季，在马加特的带领下，拜仁又毫无悬念的夺取了德甲联赛和德国足协杯双料冠军。